CLKIN вход больше чем 40 MHz не имеет смисль включать. Из пдф-а:
Register 15. PLL Input Source
7:6 CLKIN_DIV[1:0], ClKIN Input Divider.
Valid PLL input range is 10-40 MHz. If CLKIN is > 40 MHz, CLKIN input divider,
CLKIN_DIV, must be used to bring the PLL input within the 10-40 MHz range.
00b: Divide by 1.
01b: Divide by 2.
10b: Divide by 4.
11b: Divide by 8.
Т.е. если частота более чем 40 MHz, то необходимо включить внутр. делитель. Не понимаю почему стремитесь к ВЧ CLKIN?
Ваш 100 MHz генератор будет работать как 25 MHz, 50 MHz как 25 MHz и т.н.
Если опора будет на основная частота, то да, возможно шум меньше (с внутренное деление), но вряд ли 100 MHz на fundamental frequency.
