1) индикатор САТ на "табло" трансивера загорается (или хотя бы промигивает) после запуска программ?
2) другие скорости перебрать тоже, 1200 бод например... (или проверить в настройках трансивера, если скорость там изменяется);
3) другой какой-то софт попробовать, который не использует омни. (тут полезно перезагружать РС, т.к. омни иногда застряет в памяти и СОМ порт может оказаться занят)
4) просто фт-1000 может не проканать, надо именно такую конфигурацию выбрать какой трансивер, т.к. просто 1000 и 1000мр - больше 10 лет между ними, могут команды быть разные;
5) проверить шнурки интерфейса тестером на прозвон и на соответствие сигналов фактическим пинам с обоих сторон устройств, согласно схем-инструкций. Всякое может быть, любой клепальщик интерфейсов может непреднамеренно допустить ошибку.