Попробуйте 3-4 резонатора параллельно, потом емкость на их число поделить.
Так можно и какими-то мультиметрами измерять, которые могут пФ, они довольно точные.
А если наной, то как принято по диаграмме смитта - выставить такую полосу качания, чтобы была внизу дуга, потом загнать курсор частотой на ее дно и считать smith values при выставленной индикации R+L/C.