Можно ли трактовать дроссель с отводом как два отдельных дросселя? 

Если секции намотаны по-разному, то почему бы и нет? 
Проверять нужно реальную конструкцию, что она без чудес вышла. 

Можно посмотреть как сделано в АСОМ1000, АСОМ2000, или вот пример, везде одинаково.

Вот я и спрашиваю - вторая катушка ПЛ-контура должна коммутироваться в двух точках или можно сделать одну общую точку,

Достаточно замыкать витки второй катушки, как в основной катушке П-контура

Для П-контура это Qн - 21.

Да нет же. Во первых отнимите от требуемого значения подавления примерно 5-6 дБ, уровень тока 2-й гармоники в цепи анода лампы меньше уровня первой на это значение, 20log(0.46/0.236) = 5.8 дБ. Во вторых смотрите подавление гармоники в режиме генератора тока, а не генератора напряжения, ведь тетрод имеет большое выходное сопротивление, т.е. представляет собой генератор тока, а это еще +5...6 дБ. Итого требуемая Qn = 14...15 (для общего подавления 43 дБ).
По выполнению PL, если на него настроились, что конечно лучше для мощностей под киловат и более, лучше Павла Вам никто не посоветует. Обратитесь к нему с вопросом.
  Угол отсечки =     91.000 - маленький ток покоя
 Степень функции =      1.500 - "полуквадратичная" лампа
 -----------------------------------

    № гарм. |Коэфф.| Фаза

       0         0.28090        0.0
       1         0.46021        0.0 - 1-я гаромника
       2         0.23618        0.0 - 2-я гармоника
       3         0.04747        0.0

Смотрите параметр "KI 2-й гармоники", а не KU
Исходные данные:
 -----------------------------------
 F, Мгц =      7.000
 Qn =     14.500
 Q0 =    230.000
 R вх.,  Ом =   1900.000
 R вых., Ом =     50.000
 P вх.,  Вт =    900.000

 Результаты расчета:
 ---------------------------------------------------------------------------
 C1, пФ =    152.307      U вх.,  В (эфф.) =   1307.670
 C2, пФ =    860.139      U вых., В (эфф.) =    205.336
 L, мкГн =      3.843      U на L, В (эфф.) =   1485.196
 КПД контура, % =     93.696      P вых., Вт =    843.261
 Q в С1, ВАр =  11454.936      P потерь, Вт =     56.739
 Q в С2, ВАр =   1595.065      KU 2-й гармоники, дБ =     31.895
 Q в L,  ВАр =  13050.002      KI 2-й гармоники, дБ =     37.147  вот это :)
 I в С1, А (эфф.) =      8.760      S11 вх.  порт на F =      0.000
 I в С2, А (эфф.) =      7.768      S22 вых. порт на F =      0.063
 I в L,  А (эфф.) =      8.787      АЧХ-U (-1 дБ), кГц =    509.760
 Полоса S11(0.1), кГц =     99.120      АЧХ-I (-1 дБ), кГц =    273.288


Если Вы смотрите подавление в RFSim, то скорее всего смотрите именно KU, если задаете сопротивление источника равное сопротивлению входа П-контура.

Что бы получить 40 дб с п-контуром в случае, что Вы хотите, как раз бы Qn=14 и потребовалась. Но для желаемой мощности 900 Вт мало 40 дб, если считать по старым нормам не более 50 мВт внеполосных излучений. Ну вот считайте сколько надо. 950 (примерно) вместо 900 берем потому, что еще и КПД контура нужно учесть. 10*log (950/0.05).